J'ai eu le même problème avec ma Mazda 121, ce que j'ai fais c'est simplement:
-Ouvrir le toit au maximum
-Dégripper les rails, les jointures (minutieusement).
-Graisser toutes les parties mécaniques (huile spéciale a base de silicone, courament utilisé pour l'entretien des armes a feu) Mettre une bonne dose.
-Vérifier dans un premier temps si le pb persiste toujours.
-Si oui, avec un bout de clef a laine, tourner la petite encoche située dans l'interrupteur arrière de la voiture (prévu a cet effet). Dans un sens, cela fermera le toit CORRECTEMENT, et dans l'autre l'ouvrira de la même manière.
C'est dans mon manuel de voiture, c'est selon les données constructeurs. J'ai trouvé ce principe étrange au début, mais un jour où le toit était bien coincé, cela a fonctionné. Bon courage, et dites moi si le pb persiste toujours.