Comme tu avais prévu de démonter ta culasse, ce problème de caillou n'est pas bien embêtant puisque tu pourras facilement tout nettoyer soit à l'air comprimé soit même au jet d'eau chaude en particulier le secteur des soupapes d'échappement. Le problème de la rouille n'en est pas un. La culasse est probablement en alliage alu et même si elle était en acier, le tout consiste à bien essuyer et de peaufiner avec un sèche cheveu. En faisant rapidement, aucune oxydation n'aura le temps de se faire.
Mais mais mais, ton affaire pourrait dégénérer.
En effet, en démontant toute la casserolerie, tu pourrais faire tomber un caillou dans les tubulures de circuit de liquide de refroidissement et cela sans même t'en apercevoir. Une fois tout remonté, une fois moteur en route, un caillou ira jusqu'à la pompe à eau et là .....
Alors comme en ce moment ces cailloux sont en zone AIR, autant essayer déjà d'en récupérer au maximum avec un aspirateur muni d'un tuyau mince et flexible ( Tu ajoutes un filtre, un collant, dans l'aspirateur pour vérifier ce que tu auras récupéré )
Ainsi quand tu démonteras tu n'auras plus trop de risques de faire tomber un bidule dans les tubulures de circuit d'eau ou d'huile.
Quand on bosse comme ça sur un moteur, on devrait boucher avec des bouts de mousse, tous les trous de circulation.